崇宁元年（1102）三月，御史龚尖因弹劾蔡京误国，再一次暴发新旧两党的斗争，并且旧党失败，龚尖等一批旧党被蔡京一党驱逐出京。为了从思想上加强控制，防止元祐学术及政事在学校及社会上流传，影响人们的思想。
宋徽宗、蔡京统治集团在焚毁苏轼等人著作的前后，又严令禁止传播元祐学术思想及政事。陈瓘立即挺身而出，严正陈词上奏说：“绍圣以来七年间就有五次驱逐朝廷大臣的事件。被罢免放逐的都是蔡京不同政见的官员。今天又要驱逐龚尖，公理何在？”然而宋徽宗选择支持蔡京，将陈瓘的奏折退还。
五月，蔡京出任尚书右丞，他对皇帝说：“要消除无休止的党争，让国家制度回到正轨上，就必须清除旧党。”皇帝深以为然，在他的支持下，蔡京一党开始策划空前规模的党禁。
陈瓘立即查觉到了蔡京的阴谋，他急忙公然上书，奏请治蔡京等人结党营私，误国误民之罪。
陈瓘还上书抨击皇太后干预朝政等事。
在这次上奏中，他还是不偏不倚，即针对新党的蔡京，又针对旧党的皇太后。然而这次他一口气得罪了两党，朝廷再也容不得他了，于是调他去冲佑观负责管理宗教事务，以宫观闲散之职来剥夺他理政和言事的权力。这一年他已经46岁了。
五月二十一日，党禁开始，陈瓘等五十人被列入党禁名单，暂时软禁，不得与其它京官往来。之后，党禁风声一日严过一日。
九月初，徽宗下诏，令中书省把元符三年徽宗即位之初应诏上书的士大夫按其上书的内容和性质分为七等：正上者六人，正中者十三人，正下者二十三人，邪上尤甚者三十九人，邪上者四十一人，邪中者一百五十人，邪下者三百一十二人。
其中邪上尤甚者罢职永不叙用，分送各处羁管。九月十七日，文臣前宰相文彦博等，属官陈瓘等一百一十九人列入编管名单。陈瓘除名勒停，相当于现在官员的双开，编管袁州。
崇宁元年（1102）十二月，徽宗下令对所谓宜传邪说诐行、非议先圣之书与叙述元祐学术政事的书籍一律不能用来教授学生，违反者驱逐出学校。崇宁二年四月，徽崇又下诏禁止宣传元祐时曾任馆职的程颐的学术思想，对其著作令本路监司认真清查。
程颐不得已迁居龙门，停止授徒讲学。这一年的十一月，徽宗又下令各地要认真检查举报以元祐学术政事聚徒传授者，一经发现，严肃处理，决不宽赦。
陈瓘愤怒了，他彻底看清了新党的真面目。他决定加入旧党，并他们并肩战斗。
这一年，他开始写《目录辩》，他很清楚，新党的理论根源来自王安石，要打倒新党，就必须将王安石的思想理论从神坛上拉下来，他写道：“王安石《日录》七十余卷，记载的都是熙宁朝中奏对议论的语方，这是人臣私自秒录之书，不是朝廷典籍。
然而自绍圣朝开始，再修神宗实录时，史官将此书交待给付史院来做时，往往采用《日录》里的资料，这是将国家的荣耀归在臣子之下，是用私人修史还压制国家！是违反君臣大礼，属大逆不道！”他上书，要求重修神宗史。
从此，他开始用笔攻击王安石和新党。
崇宁二年，陈瓘发配编管廉州。在廉州，他开始写《合浦尊尧集》，“考诋诬讥玩之言，见蔡卞偏增之意”。据陈瓘自己所说：“当是之时,臣对王安石《日录》的研究还没成熟，只知道修史者用它来补充,还不知道它所写的史料根本就是错误的。”
崇宁五年至大观三年之间，陈瓘发配寓居明州时,又撰写了《四明尊尧集》，“绍圣时代，史官根据王安石《日录》改修《神宗史》，变乱是非，不可传信，深明诬妄,以正君臣之义！”从此，陈瓘对王安石逐渐失去了理性认识，相反认为王安石是绍圣、崇宁政治诸“恶”之源——绍圣是绍述新法，崇宁是尊崇熙宁。
陈瓘在《〈四明尊尧集〉自序》中认为，熙宁年间有二吕——吕诲和吕惠卿所言切中王安石的肺腑之隐，吕诲说王氏“大奸似忠，大诈似信，外视朴野，中藏巧诈，骄蹇傲上，阴贼害物”。而吕惠卿说王氏“尽弃素学，而隆尚纵横之末数以为奇术，以至潜愬胁持，蔽贤党奸，移怒行方命矫令，罔上要君”。
这两段话都是“妖魔化”王安石的，陈瓘奉为知音，把这些强行扣在王安石头上的帽子作为其驳斥王安石的最终指归，这就带上了先入之见。其实，王安石的私人品德和政治操守绝对称得上是“君子”，连极力诋毁王安石的邵伯温也不得不承认：“荆公，温公不好声色，不爱官职，不殖货利皆同。”
陈瓘在《四明尊尧集》中处处质疑王安石的人品操守，难免带着意气用事，曲解甚至是诋毁，下面略举几条，以知其概：
余曰：“汉宣帝不足法,陛下圣质高远，当慕尧舜三代盛王，如汉宣帝不足以言。”上曰：“朕自视未有一毫可比汉宣帝。朕意趣诚广大，但才力庸短，未能运动天下事，所以每事畏慎，不敢妄发。”(引《日录》语)
臣瓘论曰：“《日录》所造神考谦辞，或曰‘朕鄙玩’，或曰‘朕才力庸短’，或曰‘朕自视未有一毫可比汉宣帝’，如此之类，不可胜举。矫诬圣训，欺罔士类，以启悖慢之习，可胜痛哉!”
陈瓘先引录了《日录》所记神宗与王安石的一段对话，然后又加以评论，主要是针对《日录》记载的神宗谦辞而发。陈瓘在心目中认为神宗是圣人，所以不能容忍这样的谦辞.其实神宗对“师友之臣”王安石非常尊敬，这在《续资治通鉴长编》中即可以得到佐证。
所以他说出这样的谦辞也未尝不可。王安石忠实地把它记下来，也是为了彰显神宗谦逊的美德，而在陈瓘那里，这却成了王安石的一大罪状。
余曰：“且以近事验之，方边事之兴，陛下一日至数十批降指挥，城寨粮草多少，使臣将校能否，群臣所不能知，陛下无所不察，边事更大坏，不如未经营时，此乃于陛下于一切小事劳心，于一切大事独误。今日国事，亦犹前日边事也。”(引《日录》语)
臣瓘论曰：“真是安石之罪，归过宗庙。”
王安石认为神宗纠缠于细务，反误了大事。对于宋代皇帝猜忌武将，前线军事事事插手,甚至授作战图的做法，王安石看到了其中的弊端，要求神宗在小到军事，大到国事方面不必事事躬亲，做到抓大放小，可谓切中肯綮。但在陈瓘那里，却成了“委过于君’。
而对于《日录》的写作意图,陈瓘认为是”神考熙宁之末,既逐邓绾,寻出安石,尤以神考陟降为非，而诬造圣训者于文字，以舒其悖讪之气”，至于神宗称王安石为“师友”，则被陈瓘看作是王安石“傲然自圣”。
这样的例子在《尊尧集》里到处都是。
正因为《四明尊尧集》不遗余力地攻讦王安石，归罪王安石，全面否定王安石及其政事，所以《四明尊尧集》被视为批判新学和新党的一面理论旗帜。
《四明尊尧集》成书以后，立即在士大夫之间流传，引起了很大的争议。
政和元年（1111）正月，新党中的温和派张商英为相，乃建请下明州取陈瓘《尊尧集》送编修政典局，五月，再下通州取陈瓘《尊尧集》送编修政典局，但是好景不常，随着张商英的罢相，陈瓘的厄运又一次开始，九月辛巳(二十一日)诏曰：“陈瓘自撰《尊尧集》，语言无绪，并系诋诬，合行毁弃，送于张商英，意要行用，特勒停，送台州羁管。令本州当职官常切觉察，不得放出州城，月具存在申尚书省。”
陈瓘因《四明尊尧集》之作而被目为旧党的一个急先锋和旗手，所以在元佑党人中，他虽名居余官之列，但受到的打击比曾任宰相、备位侍从的文彦博还要大。
蔡京一党变本加厉地迫害陈瓘，以陈瓘反对变法新政为名，贬谪流放到袁州，后来移往通州，接著再度被贬斥到台州。并且传令所到州县派兵监押，每十日徙，不让陈瓘有一日少安。指使党徒凶神恶煞地在庭上陈列刑具，以此来威迫陈瓘屈服。
陈瓘一眼就看穿了他们的用意，毫无畏惧地说：“你们无非是想要迫取我的《尊尧集》，这有什么用呢？我要你们明白尊尧所以能当名，就是以神考为尧，主上为舜；助舜尊尧何罪之有？”尽管蔡京一党对陈瓘百般迫害，但陈瓘宁死不屈，也无可奈何，“窘辱百端终不害。”
